Bei der Impfung darf das Kind keine akute Krankheit zeigen; bestehen Zweifel, entscheidet der Arzt bzw. die Ärztin, ob das Kind geimpft werden kann oder nicht. Muss die Impfung aufgeschoben werden, so bedeutet das nicht, dass die vorangegangenen Impfdosen ihre Wirkung verlieren.

Vor jeder Impfung muss der Gesundheitszustand des Kindes bewertet werden, unter anderem durch Erhebung einer ausführlichen Impfanamnese. Dabei richtet man besonderes Augenmerk auf jene Erkrankungen, die eine Impfkontraindikation (vorübergehende oder dauerhafte Gegenanzeige) darstellen. Die Weltgesundheitsorganisation (WHO) hat ein amtliches Verzeichnis der Impfkontraindikationen ausgearbeitet, das regelmäßig dem neuesten medizinischen Wissensstand angepasst wird. Bei akuten Erkrankungen soll mit der Impfung zumindest bis zur Genesung abgewartet werden; die Impfung sollte jedoch so früh wie möglich nachgeholt werden. Bei leichteren Erkrankungen (z.B. eine leichte Entzündung der oberen Atemwege) ist eine Impfung möglich. Wie bereits erwähnt, enthält jeder Impfstoff neben dem eigentlichen Wirkstoff Zusatzstoffe wie Stabilisatoren, Antibiotika oder Verstärkerstoffe, um die Haltbarkeit des Impfstoffes zu garantieren, einer bakteriellen Verunreinigung entgegenzuwirken und eine ausreichende Immunantwort zu erzielen. Dabei können vorwiegend Verstärkerstoffe (sog. Adjuvantien) allergische Reaktionen hervorrufen.
Falls es nach vorangegangener Dosis eines Impfstoffes zu einer allergischen Reaktion gekommen ist, muss das dem Arzt oder der Ärztin, der bzw. die die Impfung verabreicht, mitgeteilt werden. Es handelt sich um sehr selten eintretende Ereignisse, die jedoch vor jeder weiteren Impfung mit besonderer Aufmerksamkeit bewertet werden.Allergien gegen Pollen, Katzenhaar, Hausstaubmilben usw. stellen keine Kontraindikationen für die Verabreichung der Impfungen dar. Liegt beim Impfling eine Immunstörung vor (Immunsuppression durch Medikamente, angeborene oder erworbene Immundefekte wie z.B. HIV, Leukämie oder andere Tumoren), so muss abgewogen werden, welche Impfungen durchgeführt werden können. Während Totimpfstoffe kein erhöhtes Risiko für das Kind darstellen, muss bei Lebendimpfstoffen eine genaue Risiko-Nutzen-Abwägung erfolgen. Kindern, die an medikamentös nicht kontrollierten Formen von Epilepsie oder fortschreitenden neurologischen Erkrankungen leiden, dürfen nur bestimmte Impfstoffe nach Absprache mit dem Facharzt bzw. der Fachärztin verabreicht werden. Bei Schwangeren muss vor jeder Impfung eine genaue Risiko-Nutzen-Abwägung erfolgen. Lebendimpfstoffe sollten grundsätzlich nicht verabreicht werden.