Al momento della vaccinazione il bambino o la bambina non deve avere una malattia acuta in atto. Nel dubbio è il medico a decidere se può essere vaccinato o vaccinata. Se a suo giudizio la vaccinazione va rinviata, ciò non significa che le dosi di vaccino somministrate in precedenza perdano d’efficacia.
Prima di procedere ad ogni vaccinazione viene valutato lo stato di salute del bambino o della bambina, eseguendo tra l’altro un’anamnesi approfondita. Bisogna accertare soprattutto se sussistano stati patologici che possano controindicare la vaccinazione (controindicazione temporanea o assoluta).
A tale proposito l’Organizzazione Mondiale della Sanità (OMS) ha varato un elenco ufficiale delle controindicazioni ai vaccini, aggiornato costantemente.

Nel caso di patologie acute in atto, prima di somministrare il vaccino, bisogna attendere almeno fino a guarigione avvenuta, recuperando poi la vaccinazione appena possibile. Se però si tratta di malattie non gravi (es. un’infiammazione leggera delle vie aeree superiori) la vaccinazione può essere praticata.

Come già detto, ogni vaccino contiene, oltre al principio attivo vero e proprio, alcuni additivi come stabilizzatori, antibiotici e sostanze adiuvanti necessarie, ad esempio, a garantire la conservabilità del prodotto, a prevenire una contaminazione batterica e ad ottenere una risposta immunitaria più rapida. Il più delle volte sono le sostanze adiuvanti a causare le reazioni allergiche. È importante informare il medico vaccinatore qualora il bambino o la bambina abbia sofferto di reazioni allergiche in seguito ad una precedente dose di vaccino. Si tratta di situazioni che si verificano molto raramente, ma che vengono valutate con particolare attenzione prima di ogni vaccinazione.
Allergie ai pollini, al pelo del gatto, agli acari della polvere, ecc. non costituiscono controindicazioni alla somministrazione delle vaccinazioni.

Se il bambino o la bambina da vaccinare ha un disturbo immunitario (immunosoppressione da farmaci, immunodeficienza congenita o acquisita, per esempio da HIV, leucemia o altri tumori) occorre assolutamente ponderare con attenzione quali vaccinazioni eseguire. Se infatti i vaccini inattivati non rappresentano un aumento del rischio per il bambino o la bambina, per quelli a base di patogeni attenuati va sempre analizzato bene il rapporto tra rischio e beneficio.

Ai bambini affetti da forme di epilessia non controllate con i farmaci o da patologie neurologiche progressive si possono somministrare solo alcuni vaccini e in ogni caso solo dopo aver consultato lo specialista.

Per la donna in gravidanza, prima di ogni vaccinazione devono essere valutati attentamente i rischi e i benefici. In ogni caso, durante la gestazione non dovrebbero essere somministrati vaccini attenuati.